Mikä yhdistää allergikkoja ja astmaatikkoja? Heillä on suolistossaan muita ihmisiä vähemmän hyviä bakteereja. Erityisen raskaana olevien ja imettävien tulisi käyttää probiootteja, sillä näin he parantavat oman suolistomikrobistonsa tasapainoa. Jos lapsi saa jo taipaleensa alussa äidiltä hyvän bakteerikannan, hänen riskinsä sairastua aikuisena atooppiseen ihottumaan tai jopa astmaan laskee merkittävästi. Monissa maissa probiootit onkin jo lisätty osaksi raskaus- ja imetysajan virallisia ravitsemussuosituksia.Näyttöä on myös allergiaoireiden hillitsemisessä: esimerkiksi siitepölykauden aikana allergiaoireilu voi helpottaa, kun suoliston mikrobiston epätasapainoa korjataan probioottien avulla.